Ngày 12 tháng 5 năm 1964, Bộ Nội vụ ban hành Quyết định số 150-NV.[2] Theo đó:

• Đổi tên xã Thượng Minh thành xã Chu Hương
• Đổi tên xã Tân Dân thành xã Yến Dương
• Đổi tên xã Quảng Thành thành xã Địa Linh
• Đổi tên xã Hưng Đạo thành xã Hà Hiệu
• Đổi tên xã Minh Phúc thành xã Phúc Lộc
• Đổi tên xã Việt Hùng thành xã Cao Trĩ
• Đổi tên xã Thạch Sơn thành xã Nghiên Loan
• Đổi tên xã Việt Xô thành xã Giáo Hiệu
• Đổi tên xã Việt Hoa thành xã Nhạn Môn
• Đổi tên xã Hùng Cường thành xã Bằng Thành
• Đổi tên xã Đại Đồng thành xã Bộc Bố
• Đổi tên xã Hưng Thịnh thành xã Công Bằng
• Đổi tên xã Liên Minh thành xã Xuân La
• Đổi tên xã Mẫu Ninh thành xã Khang Ninh
• Đổi tên xã Văn Y thành xã An Thắng.

Ngày 29 tháng 12 năm 1964, Bộ Nội vụ ban hành Quyết định số 341-NV chia xã Khang Ninh thành hai xã Khang Ninh và Nam Mẫu, đồng thời sáp nhập xóm Pác Ngoi của xã Quảng Khê vào xã Nam Mẫu.[3]

Sau năm 1975, huyện Chợ Rã thuộc tỉnh Bắc Thái, bao gồm thị trấn Chợ Rã và 25 xã: An Thắng, Bằng Thành, Bành Trạch, Bộc Bố, Cao Tân, Cao Thượng, Cao Trĩ, Chu Hương, Cổ Linh, Công Bằng, Địa Linh, Đồng Phúc, Giáo Hiệu, Hà Hiệu, Hoàng Trĩ, Khang Ninh, Mỹ Phương, Nam Mẫu, Nghiên Loan, Nhạn Môn, Phúc Lộc, Quảng Khê, Thượng Giáo, Xuân La, Yến Dương.

Ngày 29 tháng 12 năm 1978, huyện Chợ Rã được sáp nhập vào tỉnh Cao Bằng.

Ngày 6 tháng 11 năm 1984, huyện Chợ Rã đổi tên thành huyện Ba Bể.

Ngày 6 tháng 11 năm 1996, huyện Ba Bể được sáp nhập vào tỉnh Bắc Kạn vừa tái lập.

Ngày 28 tháng 5 năm 2003, tách 10 xã: An Thắng, Bằng Thành, Bộc Bố Cao Tân, Cổ Linh, Công Bằng, Giáo Hiệu, Nghiên Loan, Nhạn Môn, Xuân La để thành lập huyện Pác Nặm.

Huyện Ba Bể còn lại thị trấn Chợ Rã và 15 xã: Bành Trạch, Cao Thượng, Cao Trĩ, Chu Hương, Địa Linh, Đồng Phúc, Hà Hiệu, Hoàng Trĩ, Khang Ninh, Mỹ Phương, Nam Mẫu, Phúc Lộc, Quảng Khê, Thượng Giáo, Yến Dương.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của xã Cao Trĩ vào xã Thượng Giáo.[4]

Huyện Ba Bể có 1 thị trấn và 14 xã như hiện nay.